Depuis les années 80, Paul Watson et la flotte de Sea Shepherd sillonnent les mers afin de défendre leurs causes, entre autres: l’arrêt de la pêche aux cétacés, la protection des requins, des tortues marines,… Les actions du capitaine et de sa flotte leur valent de nombreux ennuis juridiques à travers le monde (USA, Canada, Norvège, Japon)Entre destruction de navire, assaut contre des braconniers la liste est longue. En 2012 le Costa Rica émet un mandat d’arrêt international contre Paul Watson. Il est retrouvé en Allemagne par Interpol, mais avec l’aide d’un déguisement et de complice il arrive à s’échapper d’abord aux Etats-Unis. Par la suite il s’installe en France grâce à l’aide notamment de Brigitte Bardot, connue pour son engagement en faveur de la protection des animaux.
Cependant depuis 2022, les dirigeants de Sea Shepherd USA préfèrent tourner le dos aux actions violentes préférant la recherche scientifique de préservation des écosystèmes marins, ce qu’il ne cautionne pas. Une scission se crée au sein des différentes antennes de l’ONG et il crée Sea Shepherd Origins avec l’antenne française l’une de ses principaux soutiens pour continuer l’activisme.